Archive for Desember 2014
Guilty Crown: Them Song and lyric (Release My Soul by Aimee Blackschleger )
Pagi hari ini mimin mau share lagu asyik neh, emang seh gak cepet nyanyiannya alias slow,..
Tapi~ Meski slow tetep aja ajib lagunya gan artinya pun ajib and jadi lagu kesukaan mimin kalo lagi galau ^_^
Mau tau lagunya apa?
Lagu ini merupakan Them Song dari anime bernama GUILTY CROWN, emang seh bukan opening atau ending, namun karena THEME SONG lah makanya lagu ini gak akan diganti-ganti hingga animenya end.
Langsung aja dah download lagunya nih
Aimee Blackschleger - Release My Soul.MP3
Nah klo dah download, bingung mau nyanyi karena gak tau LYRIC ??
Nah kalo gitu baca aja lyricnya sambil nynyi
LYRIC RELEASE MY SOUL by ANIME BLACKSCHLEGER
Oh take a look in the mirror, you look so sad
It's so cold like that winter market we used to go
I don't cry anymore but I feel so hurt
Oh take a look in the mirror, you look so sad
It's so cold like that winter market we used to go
I don't cry anymore but I feel so hurt
This could be love again
All I need is you
Come back, I'm waiting anytime the heavy rains come
Still I miss days with you
I can't look into your face
Oh Feeling blue and looking back again
Please come back to me
***********************************************
Oh take a look in the mirror, you look so sad
It's so cold like that winter market we used to go
I don't cry anymore but I feel so hurt
Oh take a look in the mirror, you look so sad
It's so cold like that winter market we used to go
I don't cry anymore but I feel so hurt
This could be love again
All I need is you
Come back, I'm waiting anytime the heavy rains come
Still I miss days with you
I can't look into your face
Oh Feeling blue and looking back again
Please come back to me
***********************************************
To stay with you always
You're the world to me
And dreaming on
So you can take my sword for you
Oh How do you feel so fine
You're the world to me
And dream on
You stole my heart so long ago
Oh I release my soul
So you feel my song
Tag :
Lagu,
Aura Kingdom : Game Online Menarik
Pada gak ada kerjaan neh? Yuk maen game online bareng aja :3
Kali ini mimin bakal bahas game Aura Kingdom ,
Tapi, kalian pada Udah pada kenal gak game Aura Kingdom ?
Kalo lom kenal, neh mimin jelasin singkat
"Aura Kingdom yang juga dikenal dengan Fantasy Frontier Online, merupakan game fantasy dengan gambar anime sehingga karakternya mirip tokoh-tokoh anime. Berbeda dengan game Dragon Nest yang mimin bahas kemaren-kemaren, game ini gak mengharuskan kalian lincah dalam mencet tombol, game ini lebih santai dibanding Dragon Nest. Mengapa santai? Karena kalo kita ngehit momon kita hanya tinggal klik kanan sekali ke momon jadi karakter kita auto hit namun kita yang mengontrol skillnya."
Dalam game ini terdapat 12 kelas (job) sehingga kalian gak pada bosan maenninnya, nah apa aja kelas tersebut :
- Guardian = Karakter dengan pedang dan tameng sehingga memiliki pertahanan (DEF) yang tinggi dibanding yang lain.
- Duelist = Pengguna 2 pedang dengan kecepatan (EVA) yang tinggi seperti ninja.
- Ravager = Pengguna 2 kapak dengan kekuatan (DMG) penghancur yang tinggi.
- Wizard = Pengguna tongkat untuk merepal sihir, serangannya merupakan serangan element.
- Sorcerer = Perepal mantera (rune) dari "ancient tomes" dan "grimoires", dengan kemampuan memberi dampak debuff ke musuh.
- Bard = Pemusik yang menyerang dengan nyanyian, dengan kemampuan peningkat stat dan pemberi debuff musuh.
- Grenadie = Penggunan canon dengan kemampuan membuat perangkat seperti "kamera kecil" yang membantu dalam bertarung.
- Gunslinger = Pengguna 2 pistol dengan serangan berkekuatan besar dan kecepatan serang yang tinggi.
- Brawler = Pengguna cakar dengan kemampuan refleks tinggi dan kecepatan reaksi.
- Ranger = Pengguna panah dengan kemampuan charge skill sehingga berdampak besar.
- Ronin = Pengguna katana/tachi dengan daya serang kuat untuk 1 target.
- Necromancer = Pengguna sabit dengan kemampuan men-summon "pets=peliharaan" yang membantu dalam bertarung.
Nah selain itu disini ada juga tunggangan yang bantu kita keliling dunia
dan juga Pet yang disini namanya Eidolon
Gimana tertarik ? Tapi pengen maen namun takut nge-lag? Nih sistem requirementsnya
Tenang aja gan, game ini pengaturannya kompleks, jadi bisa dimaenin di layar bahkan 800x600p.
Oke gitu aja yang dapat mimin beritau dikesempatan kali ini, soalnya mimin juga baru maen jadi kita sama-sama belajar ya :D
Nick mimin : ZeroMaru
Server : Chimera
Untuk lebih lengkap silahkan kunjungi website Aura Kingdom
Oh ya kalo mau download harus register dulu trus download gamenya make aplikasi buatan mereka hehehe
Jaa Mata Ashita Nee~~~
Genetika : Genom, Struktur Kromosom dan Genom Prokariotik dan Eukariotik
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Analisis hasil percobaan persilangan yang dilakukan
oleh Mendel telah memberikan pemahaman bahwa satuan-satuan herediter yang
mengatur pemunculan sifat atau fenotipe individu bersifat diskrit (terpisah
satu sama lain). Sebagai contoh, sifat tinggi tanaman kacang ercis diatur oleh
pasangan gen D dan d, sedangkan bentuk bijinya diatur oleh pasangan gen W dan
w. Demikian pula, sejumlah sifat lainnya diatur oleh pasangan-pasangan gen
tersendiri. Jadi, masing-masing pasangan gen tersebut merupakan satuan-satuan
herediter yang terpisah satu sama lain
Meskipun demikian, ketika itu belum dapat
diungkapkan mekanisme transmisi gen dari satu generasi ke generasi berikutnya.
Dalam hukum Mendel I(segregasi) hanya disebutkan bahwa tiap pasangan gen akan
dipisahkan ke dalam gamet-gamet yang terbentuk. Selanjutnya, rekombinasi gen
akan berlangsung pada saat terjadi penggabungan gamet jantan dengan gamet
betina melalui perkawinan. Begitu juga, hukum Mendel II (pemilihan bebas) hanya
mengemukakan bahwa segregasi pasangan gen yang satu tidak bergantung kepada
segregasi pasangan gen lainnya.
Beberapa tahun kemudian barulah diketahui bahwa gen
terdapat di dalam struktur intranukeus yang dinamakan kromosom (chromo=warna ;
soma=badan). Salah satu kelompok peneliti, T.H. Morgan dan koleganya, melalui
studi pada lalat buah Drosophila melanogaster mengajukan konsep bahwa gen
merupakan satuan-satuan diskrit (terpisah satu sama lain) di dalam kromosom.
Oleh karena gen terdapat di dalam kromosom, maka
untuk mempelajari mekanisme transmisi gen perlu dilakukan pengamatan terhadap
perilaku kromosom, khususnya selama berlangsungnya pembelahan sel.
1.2
Rumusan Masalah
1. Apa itu genom?
2. Bagaimana struktur daripada kromosom?
3. Apakah perbedaan dari genom eukariotik dan
prokariotik?
1.3
Tujuan
1.
Kita dapat mengetahui tentang genom
2.
Kita dapat mengetahui bagaimana struktur daripada
kromosom
3.
Kita dapat mengetahui perbedaan dari genom eukariotik dan
prokariotik
BAB II
PEMBAHASAN
2.1
Pengertian Genom
Genom (Ing. genome), dalam genetika dan biologi
molekular modern, adalah keseluruhan informasi genetik yang dimiliki suatu sel
atau organisme, atau khususnya keseluruhan asam nukleat yang memuat informasi
tersebut. Secara fisik, genom dapat terbagi menjadi molekul-molekul asam
nukleat yang berbeda (sebagai kromosom atau plasmid), sementara secara fungsi,
genom dapat terbagi menjadi gen-gen. Istilah genom diperkenalkan oleh Hans
Winkler dari Universitas Hamburg, Jerman, pada tahun 1920, mungkin sebagai
gabungan dari kata gen dan kromosom atau dimaksudkan untuk menyatakan kumpulan
gen.
Genom adalah gugus atau himpunan gen lengkap dari
suatu organisme yang mengendalikan keseluruhan metabolisme sehingga organisme
tersebut dapat hidup dengan sempurna. Genom terdiri dari satu set lengkap
kromosom yang diturunkan dari tetuanya.
Banyaknya gen yang terdapat dalam suatu genom berbeda antar organisme. Semakin
rumit suatu organisme, semakin banyak gen yang dikandung di dalam genomnya. Istilah genom dipakai untuk menunjukkan
keseluruhan kode genetik pada kromosom yang ada pada suatu organi sme. Baru
pada tahun 1944 diketah ui, materi dari kode genetik itu adalah DNA yang ada
pada setiap organisme.
Sekarang ini istilah genom telah dikenal luas mas
yarakat. Tidak semua rangkaian DNA itu mengkode suatu gen, kebanyakan justru
bagian yang tak berfungsi apaapa atau yang biasa d ikenal dengan DNA sampah (
junk DNA ). Genom eukariot lebih komplek dibandingkan dengan genom prokariot. Selain itu genom tana man
diketahui memiliki kompleksitas lebih tinggi dibanding dengan genom eukariot
lainnya. Gen-gen tersebut mengandung
info rmasi untuk semua protein yang diperlukan dalam kehidupan suatu organisme.
Protein-protein ini berfu ngsi antara lain memberi bentuk organisme, membantu
tubuh memproses makanan, menentukan bagaimana organisme bertingkah laku ataupun
beradaptasi terhadap lingkungan hidupnya.
DNA terdiri dari empat struktur kimia yang hampir sama
susunannya, dinama kan nukleotida, yaitu
Adenin (A), Timin (T), Sitosin (C) dan Guanin (G). Empat basa ini diulang-ulang
ribuan samp ai jutaan kali jumlahnya
dalam genom, mulai dari organisme sederhana bersel tunggal seperti bakteri sampai yang kompleks
dengan sel ba nyak seperti tanaman, hewan dan manusia. Sebagai perbandingan, genom Eschericia coli, sang bakteri dalam usus perut kita, berukuran 4,5 juta basa, Arabidopsis berjumlah 150 juta basa, tanaman
padi berjumlah 453 juta basa, sedangkan manusia memiliki genom sebesar tiga
miliar basa. Urutan (sekuen) DNA yang tersusun dari empat nukleotida ini
sangatlah penting, karena sekuen ini me
landasi perbedaan da ri setiap makhluk hidup. Bahkan menentukan spesies suatu
organisme. Dalam sel tumbuhan terdapat
tiga je ni s genom yaitu genom inti sel, genom kloroplas dan genom mitokondria.
Ukuran genom yang tersimpan dalam inti
sel akan lebih besar daripada inti sel
itu sendi ri. Ukuran inti sel tumbuhan berkisar 3-10 m dengan kandungan DNA
sekitar 10 11 pasang basa. Organ
mitokondria dan kloroplas juga mengandung bahan gentik ya ng penting tetapi
biasanya dalam jumlah gen yang sangat kecil
dan bersifat pewarisan
maternal. Informasi dalam DNA harus
terorganisasi dengan cara te rtentu supaya dapat disimpan dalam organel dan
tetap bisa dimanfaatkan sebagai sumber informasi.
Setiap organisme memiliki genom yang mengandung
informasi biologis yang diperlukan untuk membangun tubuhnya dan mempertahankan
hidupnya serta diwariskan ke generasi berikutnya. Dengan sejumlah interaksi
kompleks, urutan nukleotida komponen penyusun asam nukleat digunakan untuk
membuat semua protein pada suatu organisme pada waktu dan tempat yang sesuai.
Protein ini menjadi komponen pembentuk tubuh organisme atau memiliki kemampuan
membuat komponen pembentuk tubuh tersebut atau mendorong reaksi metabolisme
yang diperlukan untuk hidup. Kebanyakan genom, termasuk milik manusia dan
makhluk hidup bersel lainnya, terbuat dari DNA (asam deoksiribonukleat), namun
sejumlah virus memiliki genom RNA (asam ribonukleat).
Kajian yang mempelajari genom dikenal sebagai genomika
(genomics). Saat ini, urutan nukleotida pada genom sejumlah organisme telah
dipetakan seluruhnya dengan teknik sekuensing DNA dalam berbagai proyek genom,
misalnya Proyek Genom Manusia yang diselesaikan pada tahun 2003. Perbandingan
genom organisme dapat memberikan informasi mengenai karakteristik organisme
tersebut, evolusinya, dan berbagai proses biologis.
2.1.1 Organisasi genom
DNA unting ganda (double
stranded, "ds") merupakan komponen pembentuk genom kebanyakan
organisme dan semua sel. Namun demikian, virus RNA memiliki genom RNA ds atau
unting tunggal (single stranded, "ss"). Secara umum, setiap molekul
asam nukleat genom dapat disebut sebagai kromosom. Genom prokariota (organisme
tanpa inti sel, contohnya bakteri) biasanya berupa molekul tunggal dsDNA sirkular,
walaupun dapat pula terdapat DNA ekstrakromosom berbentuk plasmid sirkular yang
menyandikan produk gen yang menguntungkan namun tidak esensial. Sementara itu,
genom eukariota (organisme berinti sel, contohnya manusia) biasanya berupa
sejumlah molekul dsDNA linear. Istilah genom inti (nuclear genome) pada
eukariota mengacu pada informasi genetik berupa kromosom, dan kadang kala juga
fragmen DNA ekstrakromosom, di dalam inti sel. Genom ekstranuklear sel
eukariotik mencakup genom mitokondria dan kloroplas, yang berupa molekul dsDNA
sirkular seperti pada prokariota.
Kebanyakan prokariota
memiliki satu kromosom saja. Karena itu, prokariota umumnya mengandung satu
salinan setiap gen dan dengan demikian bersifat haploid. Sementara itu,
eukariota umumnya memiliki dua salinan setiap gen dan secara genetik bersifat
diploid. Ada pula organisme (misalnya, tumbuhan) yang memiliki lebih dari dua
set kromosom dalam inti setiap sel tubuhnya, atau disebut bersifat poliploid.
2.1.2
Ukuran genom, jumlah gen, dan densitas gen
Secara umum, terdapat perbedaan ukuran genom, jumlah
gen, dan densitas gen antara prokariota dan eukariota. Prokariota memiliki
genom yang lebih kecil dengan jumlah gen lebih sedikit dan densitas gen lebih
besar bila dibandingkan dengan eukariota. Bakteria dan arkea umumnya memiliki
genom berukuran sekitar 1–6 juta pasangan basa (Mb) yang mengandung 1.500–7.500
gen. Misalnya, genom bakteri Escherichia coli berukuran 4,6 Mb dan mengandung
sekitar 4.300 gen. Sebaliknya, eukariota memiliki genom lebih besar dengan
jumlah gen lebih banyak. Genom khamir bersel tunggal Saccharomyces cerevisiae
(tergolong fungi), misalnya, berukuran sekitar 12 Mb, sedangkan kebanyakan
tumbuhan dan hewan multisel memiliki genom lebih dari 100 Mb. Sementara itu,
jumlah gen dalam genom eukariota dapat mencapai 5.000 pada fungi bersel tunggal
sampai dengan 40.000 pada makhluk multiselular. Selain itu, eukariota secara
umum memiliki jumlah gen yang lebih sedikit per pasangan basa dibandingkan
dengan prokariota, yaitu densitas gennya lebih rendah. Misalnya, manusia
memiliki genom dengan ukuran ratusan sampai ribuan kali lebih besar daripada
bakteri, tetapi jumlah gennya hanya 5 sampai 15 kali lebih banyak.
|
Ukuran genom dan perkiraan jumlah gen
|
|||||||
|
Jenis organisme
|
Organisme
|
Jumlah gen
|
Densitas gen (gen/Mb)
|
Jumlah kromosom haploid
|
Keterangan
|
||
|
Bakteriofag MS2
|
3.569
|
3,6 kb
|
4
|
1.121
|
1
|
Genom (ssRNA) yang
pertama disekuensing, 1976.
|
|
|
Bakteriofag Φ-X174
|
5.386
|
5,4 kb
|
11
|
2.042
|
1
|
Genom ssDNA yang
pertama disekuensing, 1977.
|
|
|
1.259.197
|
1,3 Mb
|
1.120
|
890
|
1
|
Genom virus
terbesar yang diketahui saat ini.
|
||
|
580.070
|
580 kb
|
470
|
810
|
1
|
Genom bakteri
nonsimbiotik yang terkecil.
|
||
|
1.830.137
|
1,8 Mb
|
1.703
|
930
|
1
|
Genom organisme
selular yang pertama disekuensing, 1995
|
||
|
Escherichia coli K-12
|
4.639.221
|
4,6 Mb
|
4.288
|
924
|
1
|
||
|
Sorangium
cellulosum
|
13.033.779
|
13 Mb
|
9.367
|
721
|
1
|
Genom bakteria
terbesar yang diketahui saat ini.
|
|
|
Nanoarchaeum
equitans
|
490.885
|
490 kb
|
552
|
1.125
|
1
|
Genom selular
nonsimbiotik yang terkecil.
|
|
|
Methanocaldococcus
jannaschii(sebelumnya Methanococcus jannaschii)
|
1.664.976
|
1,7 Mb
|
1.738
|
1.044
|
1
|
Genom arkea yang
pertama disekuensing, 1996.
|
|
|
2.900.000
|
2,9 Mb
|
1.997
|
689
|
11
|
Genom eukariota
terkecil yang diketahui saat ini.
|
||
|
Saccharomyces cerevisiae (fungi)
|
12.068.000
|
12 Mb
|
5.885
|
486
|
16
|
Genom eukariota
yang pertama disekuensing, 1996.
|
|
|
97.000.000
|
97 Mb
|
19.099
|
197
|
6
|
Genom hewan
multiselular yang pertama disekuensing, 1998
|
||
|
125.000.000
|
125 Mb
|
25.498
|
204
|
5
|
Genom tumbuhan yang
pertama disekuensing, 2000.
|
||
|
Drosophila melanogaster (lalat
buah)
|
180.000.000
|
180 Mb
|
13.600
|
76
|
4
|
||
|
Populus trichocarpa
|
410.000.000
|
410 Mb
|
45.555
|
111
|
19
|
Genom tumbuhan
berkayu yang pertama disekuensing.
|
|
|
Oryza sativa (padi)
|
430.000.000
|
430 Mb
|
45.000
|
105
|
12
|
||
|
Mus musculus (mencit)
|
2.493.000.000
|
2,5 Gb
|
22.011
|
8,8
|
23
|
||
|
Homo sapiens (manusia)
|
3.200.000.000
|
3,2 Gb
|
20.500
|
6,4
|
23
|
||
2.1.3 Struktur gen
Gen merupakan fragment DNA
yang da pat ditranskripsikan menjadi RNA dan diterjemahkan menjadiprotein, yang
selanjutnya mampu mempengaruhiproses fisiologi tanaman maupun fenotipenya. Pada
dasarnya gen tersusun oleh empat komponen:
1. Regulator. Merupakan bagian
dari gen ya ng berperan dalam pola aktivasi suatu gen (pada rangkaian
fisiologis apa, kondisi apa, fase perke
mbangan apa, atau pada organ apa). Regulator terdapat pada awal sebuah gen
mendahului promotor. Regulator terdiri dari tiga elemen responsif yaitu HSE
(Heat Shock response Element), GRE (Glucocorticoid Response Element ) dan SRE (
Serum Response Element).
2. Promotor. Merupakan bagian dari gen yang berperan dalam penentuan utas yang akan
dikode untuk dit raskripsikan dan kapan titik awal transkripsi akan dilakukan.
Letak promotor berada sebelum titik awal
transkripsi, sehingga jarak dari titik
inisiasi dinotasikan de ngan tanda '-', atau disebut arah downstream. Promotor yang paling umum
terdapat da lam gen tanaman adalah TATA
box. Selain TATA box (TATAAA, 10 bp), jenis
promotor lainnya adalah CAAT box (GGCCAATCT, 22 bp), GC box ( GGGCGG, 20bp), Octamer (ATTTGCAT, 20 bp), kB (GGGACTTTCC, 10
bp) dan ATF (GTGACGT, 20 bp).
3. Transcribed Region.
Merupakan bagian gen ya ng akan ditranskripsikan menjadi RNA. Bagian ini
dimulai dari titik awal transkripsi (start s ite) hingga titik akhir
transkripsi ( termination site ). Notasi mulai
start site adalah `+' atau uptream.
Dalam bagian i ni terdapat bagian ya ng akan dibawa keluar dari inti sel
yang disebut exon, dan bagian yang akan tetap ditinggalkan di dalam i nti sel,
yang disebut intron. Pada bagian exon mRNA, terdapat bagian yang akan diterjemahkan
menjadi rantai asam amino ( Open Reading Frame/ORF ) dan bagian yang tidak
diterjemahkan (Un-translated Region/UTR).
4. Terminator. Merupakan bagian
sekuens DNA dari suatu gen yang memberi tanda kepada enzim penyus un RNA
(RNApolymerase) untuk menghentikan proses pemanjangan rantai RNA.
2.2 Struktur Kromosom
Ukuran kromosom
bervariasi dari satu spesies ke spesies yang lainnya. Panjang kromosom berkisar
antara 0,2 sampai dengan 50 µ, dan berdiameter 0,2 sampai dengan 20 µ.
Kromosom merupakan
suatu struktur makromolekul yang berisi DNA di mana informasi genetik dalam sel
disimpan. Kata kromosom berasal dari kata khroma yang berarti warna dan soma
yang berarti badan Kromosom. Kromosom
terdiri atas dua bagian, yaitu bagian pertama disebut sentromer /
kinekthor yang merupakan pusat kromosom berbentuk bulat dan bagian kedua
disebut lengan kromosom yang mengandung kromonema & gen berjumlah dua buah
(sepasang).
Jadi jika dilihat
secara morfologi kromosom dibagi menjadi dua bagian yaitu Sentromer (bagian
yang membagi kromosom menjadi dua bagian). Dan Lengan Kromosom (badan kromosom
yang mengandung kromonema dan gen. Jadi
berdasarkan panjang lengan dan letak sentromer kromosom dibedakan menjadi empat
macam:
a.
Metasentrik : Sentromer terletak ditengah-tengah,
sehingga kedua
lengan
sama panjang
b.
Sub metasentrik : sentromer terletak agak jauh dari ujung
c.
Akrosentrik : sentromer terletak dekat ujung
d.
Telosentrik : sentromer terletak di ujung
2.2.1 Bagian-bagian
kromosom
a.
Sentrometer merupakan bagian kromosom yang menyempit dan
berwarna terang
b.
Kinotokor merupakan tonjolan dekat sentromer yang
berfungsi untuk melekat pada benang spindel.
c.
lengan kromosom merupakan badan yang terbagi oleh
sentromer , lengan kromosom terbagi atas selaput , mertiks, dan kromonemata.
d.
Kromatid merupakan hasil duplikasi dari kromosom
e.
kromonemata , pita berbentuk spiral dalam kromosom
f.
kromomer merupakan bahan protein yang mengendap di dalam
kromonemata.
g.
Sentromer merupakan kromonemata yang berbentuk lurus.
h.
Lekukan kedua pangkal dari kromonemata , fungsi lekukan
kedua adalah tempat terbentuknya nukleus.
i.
Telomer merupakan bagian dari ujung krmosom yang
menghalangi bersambungnya kromosom yang satu dengan kromosom yang lainnya.
j.
Satelit merupakan tambahan pada ujung kromosom.
2.2.2 Jenis
sentromer
Kromosom
metafase mengandung 2 kromosom hasil pembelahan yang menyatu pada bagian
sentromer. Bentuk kromosom metafase pada tahap siklus sel setelah replikasi DNA
sudah berlangsung dan masing-masing berisi dua salinan dari molekul DNA
kromosomal. Kedua salinan tersimpan di sentromer, yang memiliki suatu posisi
spesifik di dalam masing-masing kromosom. Sentromer memiliki karakteristik
khusus yaitu mengandung banyak sekuens berulang. Fungsi sentromer terutama pada
pembelahan sel. Pada sel yang sedang membelah di daerah sentromer terbentuk
struktur kinetokor yang merupakan tempat melekatnya serabut spindel yang
memanjang sampai ke kutub inti sel. Serabut spindel berperan menarik anak
kromatid ke kedua anak inti sel yang terbentuk
2.2.3 Struktur
sentromer
Bagian ujung kromosom
disebut telomer. Telomer tersusun dari urutan basa nukleotida tertentu yang
berulang-ulang ratusan hingga ribuan kali. Telomer penting karena mereka
menandai akhir dari kromosom-kromosom, oleh karena itu memungkinkan sel itu
untuk membedakan bagian akhir yang riil dari satu akhir tidak alami yang
disebabkan oleh kerusakan kromosom, satu kebutuhan penting karena sel itu harus
memperbaiki yang terakhir tetapi bukan pembentuk. Pada manusia, urutan basa
nukleotida telomer adalah TTAGGG. Selain nukleotida yang menyusun untai DNA
telomer, terdapat pula berbagai protein yang bersama-sama menjalankan fungsi
telomer. Untuk memelihara telomer, diperlukan enzim khusus yang disebut
telomerase.
Telomer berfungsi menandai
ujung-ujung kromosom sehingga sel dapat membedakan ujung kromosom yang
sesungguhnya dan ujung kromosom yang terbentuk akibat patahan kromosom. Hal ini
penting karena sel harus memperbaiki kromosom yang patah. Karakteristik telomer
adalah memiliki beratus-ratus salinan dari motif berulang 5’-TTAGGG-3’ pada
manusia dengan sedikit pemanjangan pada ujung 3’. Terdapat 2 protein khusus
yang terikat pada telomer, yaitu TRF1 dan TRF2. TRF1 membantu meregulasi
panjang telomer dan TRF2 membantu pemanjangan untai tunggal. Bila TRF2 tidak
aktif maka tidak ada pemanjangan dan kedua untai polinukleotida bergabung.
Protein lainnya memediasi aktivitas enzimatik yang mempertahankan panjang
setiap telomer selama replikasi DNA. Aktivitas ini penting bagi kromosom
survival dan berhubungan dengan penuaan dan kematian.
Tabel
Jumlah kromosom pada beberapa organisme
|
Nama
organisme
|
Jumlah
kromosom
|
|
1. Drosophila melanogaster (lalat
buah)
|
8 (n = 4)
|
|
2. Lumbricus terestris (cacing
tanah)
|
36 (n = 18)
|
|
3. Felis domesticus (kucing)
|
38 (n = 19)
|
|
4. Mus musculus (tikus)
|
40 (n = 20)
|
|
5. Pongo pygmaeus (kera)
|
42 (n = 21)
|
|
6. Cavia coubaya (marmut)
|
64 (n = 32)
|
|
7. Columba livia (merpati)
|
80 (n =40)
|
|
8. Oryctologus cuniculus (kelinci)
|
44 (n = 22)
|
|
9. Rana pipiens (katak)
|
26 (n = 13)
|
|
10. Apis melifica (lebah
madu)
|
32 dan 16 (n = 16 dan
|
|
11. Culex pipiens (nyamuk)
|
6 (n = 3)
|
|
12. Musca domestica (lalat
rumah)
|
12 (n = 6)
|
|
13. Homo sapiens (manusia)
|
46 (n = 23)
|
|
14. Brassica oleracea (kubis)
|
18 (n = 9)
|
|
15. Solanum lycopersicum (tomat)
|
24 (n = 12)
|
|
16. Solanum tuberosum (kentang)17. Zea mays(jagung)
|
48 (n = 24)20 (n = 10)
|
|
18. Oryza sativa (padi)
|
24 (n = 12)
|
|
19. Nicotiana tobacum (tembakau)
|
48 (n = 24)
|
|
20. Carica papaya (pepaya)
|
18 (n = 9)
|
|
21. Helianthus annus (bunga
matahari)
|
34 (n = 17)
|
|
22. Saccharum officinarum (tebu)
|
86 n = 43)
|
Berdasarkan tabel tersebut
menunjukkan bahwa jumlah kromosom tidak ada hubungannya dengan tingkat atau
derajat individu. Makhluk hidup yang diploid (2n) akan menghasilkan sel yang
haploid (n) pada sel kelaminnya. Hal ini mengakibatkan zigot yang terbentuk
pada peristiwa fertilisasi (pembuahan) bersifat diploid.
2.3 Genom Prokariotik dan Eukariotik
Terdapat dua kelompok
organisme yaitu Eukariot dan Prokariot. Eukariot merupakan kelompok yang memiliki
sel dengan kompartemen yangdikelilingi membrane (membrane-bound compartments)
termasuk nukleus, organel-organel seperti mitokondria, kloroplas dan lain-lain.
Termasuk ke dalam eukariot adalah hewan, tanaman, fungi dan protozoa.
Sedangkan Prokariot
merupakan kelompok yang selnya tidak memiliki kompartemen internal. Terdapat
dua kelompok dalam prokariot yang dibedakan berbdasarkan karakteristik gentik
dan biokimia yaitu:
·
Bakteri : termasuk didalam kelompok ini adalah prokariota umum seperti
bakteri gram negative (misalnya E. coli), bakteri gram positif (misal Bacillus
subtilis), tcyanobacteria (misal Anabaena).
·
Archaea: belum dipelajari secara luas dan intensif dan ditemukan pada
lingkungan ekstrim seperti pada sumber air panas, kolam-kolam air asin atau
dasar danau anaerobik.
Eukariot dan prokariot memliki tipe genom yang berbeda. Gambar berikut
menunjukkan perbedaan struktur sel eukariot dan prokariot.
2.3.1 Genom Eukariot
Genom manusia merupakan
model yang baik bagi genom eukariot secara umum. Genom nuclear eukariotik
memiliki molekul DNA linear yang terdapat di dalam kromosom. Semua eukariot
juga memiliki genom yang lebih kecil yang berbentuk sirkular yaitu genom
mitokondria. Pada tumbuhan, terdapat genom lain yaitu genom kloroplas.
Walaupun struktur dasar
eukariot mirip tetapi satu hal penting yang sangat berbeda adalah ukuran genom.
Genom eukariot yang terkecil berukuran kurang dari 10Mb panjangnya. Sedangkan
genom yang terbesar berukuran lebih dari 100 000 Mb. Variasi ukuran genom dapat
dilihat pada tabel di bawah ini.
Tabel 1 Ukuran genom eukariot
|
Spesies
|
Ukuran genom (Mb)
|
|
Fungi
|
|
|
Saccharomyces
cerevisiae
|
12.1
|
|
Aspergillus nidulans
|
25.4
|
|
Protozoa
|
|
|
Tetrahymena
pyriformis
|
190
|
|
Invertebrates
|
|
|
Caenorhabditis
elegans
|
97
|
|
Drosophila melanogaster
|
180
|
|
Bombyx
mori (silkworm)
|
490
|
|
Strongylocentrotus
purpuratus (sea urchin)
|
845
|
|
Locusta
migratoria (locust)
|
5000
|
|
Vertebrates
|
|
|
Takifugu
rubripes (pufferfish)
|
400
|
|
Homo sapiens
|
3200
|
|
Mus
musculus (mouse)
|
3300
|
|
Plants
|
|
|
Arabidopsis thaliana (vetch)
|
125
|
|
Oryza
sativa (rice)
|
430
|
|
Zea
mays (maize)
|
2500
|
|
Pisum
sativum (pea)
|
4800
|
|
Triticum
aestivum (wheat)
|
16 000
|
|
Fritillaria
assyriaca (fritillary)
|
120 000
|
Seperti terlihat pada tabel,
ukuran genom bervariasi dan berhubungan dengan kekompleksan organisme. Eukariot
yang lebih sederhana seperti fungi memiliki genom yang paling kecil, dan
eukariot yang lebih tinggi seperti vertebrata dan tanaman berbunga memiliki
genome yang lebih besar. Hal ini mungkin terlihat masuk akal, karena kompleksitas
organism diharapkan berhubungan dengan jumlah gen dalam genom – eukariot yang
lebih tinggi memerlukan genom yang lebih besar untuk mengakomodasi gen ekstra.
Tetapi korelasi ini jauh dari sempurna, jika korelasinya baik, maka genom
nuklear yeast S. cerevisiae, yang berukuran 12 Mb adalah 0.004 kali ukuran
genom nuklear manusia, akan mengandung 0.004 × 35 000 gen yaitu hanya 140.
Padahal kenyataannya genom S. cerevisiae mengandung 5800 gen.
Tidak adanya korelasi antara
kompleksitas suatu organism dengan ukuran genomnya, disebut sebagai C-value
paradox. Jawabannya sederhana yaitu: tempat disiapkan di genom organisme yang
kurang kompleks karena gen terpak bersama. Genom S. cerevisiae yang sekuensnya
selesai dikerjakan tahun 1996 menggambarkan hal ini seperti terlihat pada
gambar di bawah ini.
Pada gambar di atas, segmen
50-kb dari genom manusia dibandingkan dengan segmen 50-kb genom yeast. Segmen
genom yeast yang berasal dari kromosom III memiliki karakteristik sebagai
berikut:
1. Memiliki lebih banyak gen
dibandingkan segmen pada manusia. Daerah pada kromosom III yeast ini mengandung
26 gen yang mengkode protein dan dua yang mengkode transfer RNA (tRNA), molekul
non-coding RNA terlibat dalam pembacaan kode genetic selama proses sintesis
protein.
2. Relatif sedikit gen yeast
yang discontinuous. Pada segmen kromosom III ini, tidak ada gen yang
discontinuous. Dalam keseluruhan genom yeast hanya terdapat 239 introns,
dibandingkan dengan lebih dari 300 000 pada genom manusia.
3. Terdapat lebih sedikit
genome-wide repeats. Bagian kromosom III ini mengandung elemen sebuah repeat
tunggal long terminal (LTR) element, disebut Ty2, dan empat truncated LTR
elements disebut delta sequences. Kelima genome-wide repeats membentuk 13.5%
dari segmen 50-kb, tetapi gambaran ini tidak secara keseluruhan khas pada genom
yeast secara keseluruhan. Ketika ke-16 kromosom yeast dipertimbangkan, jumlah
total sekuens yang diambil oleh genome-wide repeats hanya 3.4% dari total. Pada
manusia, genome-wide repeats membentuk 44% genom.
Gambaran yang muncul adalah
bahwa organisasi genetik pada genom yeast lebih ekonomis dibandingkan pada
manusia. Gen-gen lebih kompak/padat, memiliki lebih sedikit intron dan ruang
antara gen relative pendek, dengan jauh lebih sedikit ruang yang diambil oleh
genome-wide repeats dan sekuens-sekuens non-coding.
Hipotesis bahwa organism
yang lebih komples mengandung genom yang kurang kompak juga terdapat pada
spesies-spesies lain yang diteliti. Gambar diatas juga menunjukkan segmen 50 kb
genom dari lalat buah. Jika kita sependapat bahwa lalat buah lebih kompleks
daripada sel yeast tetapi kurang kompleks dibandingkan genom manusia, maka kita
akan menduga bahwa organisasi genom lalat buah akan berada di antara yeast dan
manusia. Pada gambar, segmen 50 kb genom lalat buah memiliki 11 gen, lebih dari
gen pada segmen manusia, tetapi kurang dari gen pada lalat buah. Semua gen ini
discontinuous. Hal ini sesuai ketika keseluruhan sekuens genom dari 3 organisme
dibandingkan (Tabel 2). Densitas gen pada genom lalat buah adalah intermediet
antara densitas genom pada yeast dan manusia. Rata-rata gen lalat buah memiliki
lebih banyak intron daripada rata-rata gen yeast tetapi tetap tiga kali lebih
sedikit dibandingkan rata-rata gen manusia.
Tabel 2 Kekompakan genom yeast, lalat buah dan manusia
|
Karakteristik
|
Yeast
|
Lalat buah
|
Manusia
|
|
Gene density
(average number per Mb)
|
479
|
76
|
11
|
|
Introns per gene
(average)
|
0.04
|
3
|
9
|
|
Amount of the genome
that is taken up by genome-wide repeats
|
3.40%
|
12%
|
44%
|
Perbandingan antara genom
yeast, lalat buah dan manusia dapat juga dilihat dari genome-wide repeats. Hal
ini membentuk 3.4% dari genom yeast, 12% genom lalat buah dan 44% genom
manusia. Genome-wide repeats memainkan peranan penting dalam menentukan kekompakan
sebuah genom. Hanya sedikit daerah-daerah pada genom jagung yang telah
disekuen, tetapi hasil telah diperoleh yang menunjukkan genom didominasi oleh
elemen repetitive. Gambar 2.2D menunjukkan sebuah segmen 50-kb satu anggota
dari family gen yang mengkode enzim alcohol dehydrogenase. Gen ini adalah
satu-satunya gen dalam daerah 50-kb ini. Walaupun ada gen kedua yang tidak
diketahui fungsinya kira-kira 100kb sebelum ujung akhir sekuens yang
ditunjukkan disini. Karakteristik dominan segmen genom ini adalah genome
segment is the genome-wide repeats. Mayoritas adalah elemen LTR yang terdiri
dari bagian non-coding dan diperkirakan membentuk kira-kira 50% genom jagung.
Satu atau lebih famili dari genome-wide repeats telah mengalami proliferasi
pada genom spesies tertentu.
Jadi ukuran genom tidak
meningkat dengan semakin kompleksnya organism tetapi organism yang sama dapat
berbeda dalam ukuran genomnya. Contohnya pada Amoeba dubia yang merupakan
protozoa, diduga memiliki genom 100–500 kb, sama dengan protozoa lain seperti
Tetrahymena pyriformis (seperti terlihat pada Tabel 1). Tetapi kenyataannya
genom Amoeba lebih dari 200 000 Mb. Sama halnya kita menduga jangkrik memiliki
genom yang sama dengan insekta lain, tetapi jangkrik memiliki genom berukuran
2000 Mb, yangmana 11 kali lebih besar dari genom lalat buah.
2.3.2 Genom Prokariot
Genom prokariot berbeda
dengan genom eukariot. Terdapat beberapa overlap dalam ukuran antara genom
prokariotik terbesar dengan prokariotik terkecil. Tetapi secara keseluruhan
prokarotik genom berukuran lebih kecil. Misalnya genom E. coli K12 adalah 4639 kb,
hanya 2/5 dari genom yeast dan hanya memiliki 4405 gen. Organisasi fisik genom
juga berbeda antara eukariot dengan prokariot. Pandangan tradisional adalah
bahwa seluruh prokariot memiliki satu molekul DNA sirkular . Selain ‘kromosom’
tunggal ini, prokariot juga dapat memiliki gen tambahan yang independen,
sirkular yang disebut plasmid.
Gen yang dibawa oleh plasmid
berguna, karena mengkode sifat-sifat ketahanan terhadap antibiotik atau
kemampuan untuk memanfaatkan komponen kompleks seperti toluene sebagai sumber
karbon. Tetapi prokariot dapat bertahan secara efektif tanpa plasmid. Prokariot
menunjukkan keragaman dalam organisasi genom. E. coli memiliki genom
unipartite, tetapi prokariot lainnya lebih kompleks. Misalnya Borrelia
burgdorferi B31, memiliki kromosom linier 911 kb, membawa 853 gen, dilengkapi
dengan 17 atau 18 molekul linier dan sirkuler, yang keseluruhannya
menyumbangkan 533 kb dan paling tidak 430 gen. Genom multipartite dikenal pada
banyak bacteria dan arkaea.
Genom prokariotik lebih
kompak dibandingkan genom yeast dal eukariot tingkat bawah lainnya. Seperti
terlihat pada Gambar 2.2E yang memperlihatkan segmen 50-kb genom E. coli K12.
Terlihat bahwa terdapat lebih banyak gen dan kurang ada ruang diantaranya,
dengan 43 gen mengambil tempat 85.9% segmen. Beberapa gen terlihat tidak
memiliki ruang diantaranya, thrA dan thrB, misalnya dipisahkan dengan sebuah
nukleotida tunggal, dan thrC mulai pada nukeotida segera sesudah nukleotida
terakhir pada thrB. Ketiga gen ini adalah contoh dari operon, sebuah kelompok
gen yang terlibat dalam sebuah lintasan biokimia (dalam hal ini sintesis asam
amino threonine) dan diekspresikan bersama-sama dengan yang lainnya. Operon
digunakan sebagai model untuk memahami bagaimana ekspresi gen diatur. Secara
umum, gen prokariot lebih pendek dibandingkan eukariot, rata-rata panjang
sebauh gen bakteri berkisar 2/3 gen eukariot, bahkan setelah intron dihilangkan
dari eukariot. Gen bakteri sedikit lebih panjang dibandingkan gen arkaea.
Dua karakteristik genom
prokariot yang dapat dilihat dari Gambar 2.2E adalah, pertama, tidak ada intron
pada gen pada segmen dari genom E. coli ini. Bahkan E. coli tidak memiliki gen
discontinuous. Karakteristik kedua adalah infrequency of repetitive sequences.
Genom prokariot tidak memiliki apapun yang ekivalen terhadap high-copy-number
genome-wide repeat families yang ditemukan pada genom eukariot. Mereka memiliki
sekuen tertentu yang mungkin berulang di dalam genom. Contohnya adalah
insertion sequences IS1 dan IS186yang dapat dilihat pada segmen 50-kb pada
Gambar 2.2E. Terdapat contoh transposable elements, yaitu sekuen yang dapat
berpindah sekeliling genom. Posisi elemen IS1dan IS186 yang ditunjukkan pada
Gambar 2.2E merujuk pada isolate E. coli tertentu. Jika isolate berbeda yang
diperiksa, maka sekuen IS dapat berbeda posisi atau dapat pula absen dari
genom. Sebagian besar genom prokariot lainnya memiliki sangat sedikit sekuen
berulang/repeat sequences – secara virtual tidak terdapat pada genom 1.64 Mb dari
Campylobacter jejuni NCTC11168 – tetapi terdapat perkecualian, pada bakteri
meningitis Neisseria meningitidis Z2491, yang memiliki lebih dari 3700 copi
dari15 tipe berbeda repeat sequence, secara kolektif membentuk hamper 11% dari
genom 2.18 Mb.
BAB III
PENUTUP
3.1
Kesimpulan
Dari
makalah diatas dapat disimpulkan bahwa genom merupakan gugus atau himpunan gen
lengkap dari suatu organisme yang mengendalikan keseluruhan metabolisme
sehingga organisme tersebut dapat hidup dengan sempurna. Genom terdiri dari
satu set lengkap kromosom yang
diturunkan dari tetuanya. Banyaknya gen yang terdapat dalam suatu genom
berbeda antar organisme. Diketahui juga bahwa bagian-bagian pada kromosom
adalah sebagai berikut, sentromer, kinotor, lengan kromosom, kromatid,
kromonemata, kromomer, sentromer, tekomer, lekukan pangkal dari kromonemata dan
satelit. Selain itu dapat disimpulkan juga bahwa terdapat banyakk perbedaan
antara genom pada prokariot dan eukariot salah satunya yaitu ukurannya.
3.2 Saran
Setelah membaca makalah “Genom,
Struktur Kromosom dan Genom Eukariot dan Prokariot” kiranya mahasiswa dapat
menerapkan hal hal untuk menjadi pribadi yang teguh sehingga dapat
menyelesaikan masalahnya dengan baik.
DAFTAR PUSTAKA
Darmawan. A. 2012.
Organisasi Genom. http://taniyoook.blogspot.com/ diakses pada 18 Maret 2014.
Nelly. W. 2010. Kromosom. http://nellywedya.wordpress.com/
diakses pada 18 Maret 2014.
Genom. http://18bios1unsoed.wordpress.com/
diakses
pada 18 Maret 2014.
Genom. http://id.wikipedia.org/ diakses pada 18 Maret 2014.
Yoga. P. 2013. Organisasi Genom Prokariotik dan
Eukariotik. http://biologiterkini.blogspot.com / diakses pada 18 Maret 2014.
Anonim. 2013. Struktur dan Bentuk Kromosom. http://ziloli.blogspot.com/
diakses pada 18 Maret 2014.
Anonim. 2014. Pengertian
Macam Bentuk Kromosom Berdasarkan Sentromernya. http://smakita.net/ diakses pada 18
Maret 2014.
Tag :
Makalah,